1997年，学校在原有文书档案室的基础上成立综合档案室，科级建制，隶属于校长办公室,负责协调、规范全校的档案工作。为进一步加强档案的综合管理。1999年，学校成立档案工作委员会，明确各单位分管档案工作负责人和兼职档案员，形成了较为完整、规范的档案工作管理体系。2009年，学校档案馆发展成为安徽省高等学校档案工作协会常务理事单位。2018年成立安庆师范大学档案馆，正处级建制，为学校直属机构。目前，档案馆有专职档案员6人，兼职档案员90余人。

档案馆馆舍位于安庆师范大学菱湖校区图书馆三楼，建筑面积1250平方米。馆藏总量78000卷（件）。